Białko IFITM3 określa odporność na wirusa hipopotamów

Objawy

Dr Linda Wakim i jej koledzy z laboratorium profesora Jose Villadangos, Zakład Biochemii i Biologii Molekularnej i Zakładu Mikrobiologii i Immunologii, wierzą, że odkryli nową wskazówkę, dlaczego niektórzy ludzie radzą sobie z infekcją lepiej niż inne.

Laboratorium zajmuje się badaniem "urządzeń ochronnych" komórek T, które znajdują się na otwartych częściach ciała, takich jak skóra i błony śluzowe, i mają na celu zapobieganie rozwojowi infekcji. Jak wiadomo, limfocyty T, w niektórych przypadkach, są zdolne do wczesnego wykrywania wirusów i zainfekowanych komórek i niszczenia ich zanim wirus zacznie używać komórki gospodarza do rozmnażania.

Naukowcy odkryli, że te komórki T zawierają białko IFITM3 na powierzchni, co czyni je bardziej odpornymi na infekcje wirusowe, w tym grypę. Wyniki opublikowano w Nature Immunology.

„Jeśli mamy dowiedzieć się, jak zwiększyć liczbę i długość życia tych komórek T ekspresję białka IFITM3 możemy rozwijać ulepszonych szczepionek, które będą generować bardziej zrównoważone wytwarzanie limfocytów T, które mogą zapewnić najlepszą ochronę na długi czas.” Powiedział prof Villadangos.

Dr Wakim powiedział: "W chwili obecnej staramy się zrozumieć, dlaczego tylko niektóre komórki T, i nie wszystkie, wyrażają tę cząsteczkę ochronną. Prawdopodobnie odbierają one specyficzny sygnał z cytokin lub powierzchni cząsteczki w tkankach. Jeśli zidentyfikujemy te sygnały chemiczne, będziemy mogli wykorzystać je w przyszłych szczepionkach podczas tworzenia szczepionek. "

Źródło: University of Melbourne

Linezolid - syntetyczny antybiotyk przeciw ciężkim zakażeniom

Linezolid, linezolid - antybiotyk o szerokim spektrum działania

Naukowcy odkryli nowe białko przeciwwirusowe

Naukowcy z Uniwersytetu w Melbourne oraz Instytutu Waltera i Elizy Hall (WEHI) w Australii odkryli nowe białko, które chroni przed infekcjami wirusowymi, w tym grypą.

Linda Wakim wraz z kolegami uważa, że ​​rozumieją, dlaczego niektórzy ludzie lepiej radzą sobie z infekcjami niż inni. Laboratorium bada "urządzenia ochronne" komórek T zlokalizowane na powierzchniach ciała - skórę i błony śluzowe. Komórki T identyfikują komórki zakażone wirusem i zabijają je, zanim wirus może się rozmnażać i rozprzestrzenić na inne komórki.

Naukowcy wykazali, że komórki te zawierają białko IFITM3, co czyni je bardziej odpornymi na infekcje wirusowe.

„Jeśli przyjrzymy się, jak zwiększyć liczbę i czas życia komórek T wyrażających IFITM3, może to prowadzić do lepszych szczepionek, które przyczyniają się do rozwoju bardziej zrównoważonych komórek T zdolnych daje najlepszą ochronę na dłuższy czas” - mówi prof Villadangos.

Dr Wakim powiedział:
"W tej chwili staramy się zrozumieć, dlaczego niektóre komórki T, ale nie inne, produkują te ochronne cząsteczki. Prawdopodobnie wypełniają one pewną postać sygnału chemicznego (cytokiny lub cząsteczki powierzchni) w tkankach, które są zlokalizowane, co powoduje ekspresję IFITM3. Jeśli zdefiniujemy te szlaki chemiczne, będziemy mogli włączyć je do przyszłych szczepionek. "

Mutacje w ludzkich genach, zwiększając ryzyko ciężkiego przebiegu infekcji grypowej

Otrzymano: 2015-03-14 Akceptowane do druku: 2015-07-22 Opublikowano: 2015-08-31

Ol Kisielew 1 AB Komissarow 1 OS Konshina 1, MN Dmitriev 1 EG Deeva 1, T. 1 Sologub V. Pokrowski 2

1 FGBU "Institute of Influenza" Ministerstwa Zdrowia Rosji, St. Petersburg, Federacja Rosyjska

2 FBUN "Centralny Instytut Badawczy Epidemiologii" Rospotrebnadzor, Moskwa, Federacja Rosyjska

# Do korespondencji: 197376, St. Petersburg, ul. Prof. Popova 15/17, FGBU "Institute of Influenza" Ministerstwa Zdrowia Rosji, E.mail: [email protected]

Streszczenie

System kontroli genetycznej wrodzonej odpowiedzi immunologicznej na infekcję grypy i funkcji genów umożliwia stworzenie systemu leczeniu grypy, z naciskiem na fenotyp mutacji w oparciu o jednostki genetycznej predyspozycji do ciężkiej choroby i / lub rozwoju powikłań.

Streszczenie

System genetycznej kontroli wrodzonego układu odpornościowego, układu immunologicznego, układu odpornościowego, organizmu,

Wprowadzenie

Analiza struktury zachorowalności i umieralności z powodu grypy na świecie jest oparty na badaniach rozkładu wieku i identyfikacji grup ryzyka, [1-6]. Jednocześnie oczywiste jest, że zachorowalność i śmiertelność w dużym stopniu zależą od cech genetycznych poszczególnych populacji i grup etnicznych. Z jednej strony, istnieje bezpośredni związek zachorowalność grypy C haplotyp HLA (ludzki leukocytów antygenów), z drugiej - analiza polimorfizmu liczby genów określać poziom ochrony wirusa potwierdzają, że udział poszczególnych mutacji i polimorfizmów (jednonukleotydowe polimorfizmu SNP), w częstość występowania i śmiertelność z powodu grypy jest znacznie wyższa niż wcześniej sądzono [7-12]. Szeroko zakrojone badania w dziedzinie genetyki populacyjnej i podatność na grypę sugerują, że środki zwalczania epidemii w różnych regionach kraju, powinny być planowane zgodnie z genetycznych cech populacji. Oczywiste jest również, że rozwój szczepionek mieć na uwadze ich „genetycznej” focus duże populacje oraz prawdopodobieństwa słabą odpowiedzią - aż do jego braku - szczepień u osób z pewnymi haplotypów HLA [11, 12]. Na podstawie analizy polimorfizmów genetycznych, można powiedzieć, że w leczeniu grypy, - w kontekście masy zachorowalności charakterystycznej pandemii - konieczne jest, aby wziąć pod uwagę możliwą rodzaju skomplikowanego przebiegu choroby związanej z defektem na odporność i ochronę przeciwwirusową. Zrozumienie genetycznych podstaw patologii chorób zakaźnych, w tym grypy, może znacząco zmienić zarówno praktykę szczepień, jak i podstawę terapii.

W związku z tym, konieczne jest, aby usystematyzować dostępnej informacji o strukturze i geny markerów genetycznych charakterystycznych dla przypadku niewłaściwego lub patologicznych reakcji z grypie i związanych z infekcjami.

Poniżej znajduje się lista i charakterystyka genów, SNP, w których występuje zwiększona wrażliwość na zakażenie grypą lub ciężką chorobą [9, 13, 14].

Rola polimorfizmu genu dla transbłonowego białka indukowalnego przez interferon 3 (IFITM3) w patologii zakaźnej

Gene (IFITM3). Jednym z najważniejszych odkryć w okresie od ostatniego pandemii czasu, można uznać identyfikację polimorfizmu w genie IFITM3 w grupach pacjentów z pandemii grypy A (H1N1) pdm09 powodują ciężki przebieg choroby, w pewnych przypadkach śmiertelnych powikłań (Figura 1) [9, 13-21].

Gen IFITM3 należy do rodziny genów, których aktywność jest indukowana przez interferony typu I (IFN). Białko IFITM3 odnosi się do białek transbłonowych i obejmuje dwie domeny transbłonowe. Jego aktywność funkcjonalna jest związany z opornością na szczepów typu A (H1N1) pdm09 i wielu innych chorób, w tym gorączkę krwotoczną i denga, wirus Zachodniego Nilu, [13]. Białko IFITM3 występuje w różnych izoformach, a jedno z nich, dość powszechne, nie ma domeny N-końcowej (ryc. 2) [18-21]. Analiza tego zjawiska doprowadziła do identyfikacji mutacji w miejscu splicingu, która determinuje zwiększoną wrażliwość na grypę pandemiczną [19, 20].

W analizie mechanizmu działania IFITM3 wykazała, że ​​białko to bloki zakażonych komórek (penetracji wirusa do komórki) na poziomie endocytozy cząstek wirusa [22]. Później ustawić swoją rolę w hamowaniu infekcji powodowanych przez wirusy, takie jak Ebola, ludzki wirus niedoboru odporności typu I (HIV-1), wirusa zapalenia wątroby typu C, gorączka denga [13]. Wykazano również, że hamuje IFITM3 endocytozy zależnej od białka S Środkowego Wschodu koronawirusa dróg oddechowych, zespół środkowy (East niewydolności oddechowej; merów) [23], co zapobiega przedostawaniu się materiału genetycznego wirusa do komórki.

Szerokie spektrum aktywności przeciwwirusowej białka IFITM3 wyjaśnia fakt, że wywiera on silny wpływ na stabilność kompleksu ATPazy wakuoli (w ATPazie) i endosomów. W endocytozie wirusów istotną rolę odgrywa interakcja β-ATPazy z endosomami, co prowadzi do zmiany lokalizacji klatryny i spadku pH [24]. Proces ten odgrywa kluczową rolę w infekcji komórek, dlatego jest szczególnie atrakcyjny jako cel terapeutyczny. Ustalono, że klasyczne inhibitory klatryny i b-ATPazy są skutecznymi inhibitorami reprodukcji wirusa i należą do leków o szerokim spektrum działania. Okazało się, że ta lista zawiera Arbidol [25]. Tak więc w Arbidolu zidentyfikowano inny mechanizm działania, który, jak widać, określa jego aktywność przeciwwirusową dla szerokiej gamy wirusów. Jednak mechanizm ochrony antywirusowej nie może być pełnym uzasadnieniem mechanizmów ingerencji IFITM3 w wirusy na poziomie szlaku klatrynowego w celu internalizacji cząstek wirusa we wczesnych stadiach zakażenia.

Podczas ekspresji genu IFITM3 mogą tworzyć dwa różne transkrypty: pełna i skróconą odmianę, która koduje sekwencję białka, pozbawionego fragment N-końcowy o długości 21 reszt aminokwasowych. [21]

Ogólnie rzecz biorąc, białko IFITM3 jest czynnikiem restrykcyjnym dla reprodukcji wirusa, działając przez tworzenie odporności komórkowej na wirusy z różnych rodzin. Ale szczegółowe mechanizmy tworzenia ochrony antywirusowej w komórkach, pomimo odkrycia białka IFITM3, pozostają nieznane. Szereg badań [18-20] wykazali, że u myszy z nokautem genu IFITM3 podczas zakażenia grypy jest cięższy niż zwierząt typu dzikiego z tego genu. W populacji ludzkiej znana jest mutacja tego genu - zastąpienie T przez C w miejscu splicingu intronu I [18].

Związek tej mutacji z populacją europejską badano w przebiegu zakażenia wirusem grypy powodowanego przez wirus pdm09 A (H1N1) i częstość hospitalizacji, która była uważana za kryterium do skomplikowanego rozwoju infekcji [19]. Pacjenci hospitalizowani z powikłaną grypą i ciężkim przebiegiem choroby wykazywali zwiększoną częstość występowania homozygotyczności względem rzadkiego allelu C genu IFITM3. Częstość występowania SNP rs12252-C u ciężkich pacjentów wynosiła 5,3% w porównaniu do 0,3% w populacji europejskiej. Co ciekawe, w populacjach Chin częstość występowania SNP rs12252-C była znacznie wyższa. Więc jeśli średnio częstotliwość genotypu HS wynosiła około 25%, wśród pacjentów z Chin z ciężkimi postaciami grypy, pojawienie się genotypu HS osiągnęło 69% (Ryc. 3).

Powyższe wyniki dotyczące częstotliwości alleli genu IFITM3 zostały uzyskane przez autorów w statystycznym przetwarzaniu danych dla 1000 genomów [19]. Częstotliwość występowania alleli różniła się znacznie w różnych populacjach. Jednakże wśród populacji Khana pochodzącej z Prowincji Południowej i zamieszkującej Chiny Wschodnie, Południowe i Środkowe, częstotliwość genotypu SS r12252 osiągnęła 69%. W wyniku szczegółowej analizy struktury genetycznej populacji i występowania (śmiertelności) grypy autorzy wyciągnęli wniosek, że wysoka częstość występowania genotypu HS przyczynia się do epidemiologii grypy w Chinach. Rzeczywiście, w Chinach odnotowuje się wysoką częstotliwość epidemii grypy na dużą skalę, co często prowadzi do pandemii.

W związku z wykrytymi korelacji pomiędzy genotypem i IFITM3 rs12252 klinicznych zakażenia grypy interesujące było badanie poszczególnych składników „cytokina sztormowe” u pacjentów z genu wariantu IFITM3 [21]. Badania te przeprowadzono z udziałem pacjentów zakażonych krążących na obecnym etapie patogennego szczepu wirusa grypy typu A (H7N9). Analizowano ekspresję następujących markerów „cytokina burzy» MPC-1 (monocytowe chemoatrakcyjne białko 1), IL-1β (interleukina-1β), IL-6, IL-8, IL-10, TNF-α (czynnik martwicy nowotworu), IFN-γ i białko C-reaktywne [27]. Autorzy zbadali zawartość tych białek we krwi obwodowej. W rezultacie, stwierdzono, że u pacjentów z genotypem CC poziom syntezy i sekrecji białka MPC-1 jest znacznie wyższe niż u pacjentów z CT lub TT genotypów (fig. 3). I ciężar choroby jest bezpośrednio skorelowany z tych parametrów - CC genotypu i nadmiernego nieswoistej odpowiedzi immunologicznej. Ponadto, autorzy opracowania cytokin (MIP-1a, MlP-1 p, IL-1, IL-6 i IL-8) w płucach osób zmarłych. Stwierdzono, że zawartość niektórych cytokin prozapalnych był 100-1 000 razy wyższa w porównaniu z płuc do krwi obwodowej. Zatem IFITM3 rs12252 mutacja promuje „cytokin burzę”.

Podsumowując, należy stwierdzić, że polimorfizm genu IFITM3 w patologii zakaźnej należy zauważyć, że SNP rs12252 przyczynia się do rozwoju choroby Kawasaki - zapalenia naczyń w wieku wczesnoszkolnym [15]. Ta patologia jest również charakterystyczna dla niektórych grup ludności w południowo-wschodniej Azji i może prowadzić do tak poważnego powikłania jak tętniak aorty [28]. Należy zauważyć, że infekcja grypowa wywołuje zapalenie naczyń, w tym zakażeń naczyń mózgowych, a to pozwala przypuszczać, że wpływ infekcji grypy na rozwój patologii układu sercowo-naczyniowego.

Polimorfizm genów, które dodatkowo przyczyniają się do ciężkiego przebiegu infekcji grypowej

Badanie polimorfizmu genów w celu zrozumienia predyspozycji do chorób zakaźnych i ich ciężkiego przebiegu ma fundamentalne znaczenie dla praktyki pediatrycznej i globalnych procesów epidemicznych [9, 14, 17]. Repertuar genów, który w pewnym stopniu determinuje rozwój powikłań grypy, znacznie się rozszerzył na przestrzeni lat [9, 17]. Tabela 1 pokazuje listę tych genów i ich prawdopodobny wkład w naruszenie pewnych funkcji w zwalczaniu grypy i innych infekcji wirusowych.

Gene

Funkcja kodowanego białka

Wada

Odniesienie

Współczynnik ochrony antywirusowej na poziomie endosomów

Wada wewnątrzkomórkowej ochrony antywirusowej na wczesnym etapie infekcji (endosomy)

Białko surfaktantowe B - płucny środek powierzchniowo czynny

Ochrona pneumocytów, stabilność pęcherzyków płucnych, transport tlenu i usuwanie wirusów i bakterii

Receptor Fc - czynnik klirensu zakaźnego wirusa

Wada usuwania wirusa

Czynnik układu dopełniacza

Defekt układu dopełniacza i zależna od dopełniacza cytoliza zainfekowanych komórek

Współczynnik przyspieszenia dla rozpadu dopełniacza, antygen układu grupy krwi Cromer

Wada wrodzonych mechanizmów ochrony płuc przed zmianami, w których pośredniczy dopełniacz, w zakażeniu grypą

Lektyna komórkowa wiążąca mannozę

Wada w regulacji odporności wrodzonej

Supresor układów sygnałowych zależnych od cytokin

Wada w kontrolowaniu syntezy i aktywności cytokin (możliwy rozwój "burzy cytokinowej")

Kompleks enzymów zależnych od Se

Wada układu antyoksydacyjnego

Tabela 1. Geny, mutacje i polimorfizmy, które prowadzą do skomplikowanego przebiegu infekcji grypowej

Białka płucnego środka powierzchniowo czynnego pełnią najważniejsze funkcje nie tylko w zapewnieniu stabilności transportu tlenu, ale także w ochronie przeciwbakteryjnej i antywirusowej. Długoterminowe obserwacje kliniczne wykazały, że polimorfizm genów kodujących białka powierzchniowo czynne, a zwłaszcza białko B (SP-B), odgrywa kluczową rolę w nadwrażliwości na infekcje takie jak grypa [29]. Stwierdzono również, że polimorfizm genu SP-B jest związany z ciężkim przebiegiem zakażenia wywołanego przez wirus syncytialny dróg oddechowych [30].

Znany jest rola czynników układu dopełniacza w zakażeniach bakteryjnych i wirusowych. W związku z tym szczególną uwagę zasługują dane na temat roli polimorfizmu w C1QBP genu (Składnik dopełniacza 1, Q podkomponentu białko wiążące) w skomplikowany grypy oczywiście [8, 33]. C1QBP C1QBP gen koduje białko, które jest dojrzała postać homotrimer. C1QBP cechą struktury homotrimerem polega na tym, że ma asymetryczny rozkład ładunku na powierzchni cząsteczki. Białko oddziałuje z różnych cząsteczek biorących udział w regulacji układu odpornościowego: CDK13 [38], kun [39] VTN [40] NFYB [41], FOXC1 [42], DDX21, DDX50, NCL [43] SRSF1, SRSF9 [44], [45] CDKN2A - i innych białek, w tym SD93 [46]. Funkcja C1QBP jest zależna od przeciwciał cytolizy komórek zakażonych przez aktywację dopełniacza i fagocytozy. Białko zgromadzone w mitochondriach w procesie infekcji wirusowej i hamuje zależną (RLR RIG-I), takie jak receptory transdukcji sygnału przez oddziaływanie z przeciwwirusowymi Mavs (białko mitochondrialne AntiViral sygnalizacji). Białko C1QBP uczestniczy w aktywacji kaskady krzepnięcia krwi [47]. Akcja C1QBP jest plejotropowe i zależy od stadium zakażenia.

CD55 (Complement Decay-Accelerating Factor, DAF) jest rozpadającym czynnikiem przyspieszającym dopełniacz, antygenem układu grupy krwi Cromer. DAF / CD55 pełni funkcje przeciwzapalne, chroniąc komórki przed uszkodzeniem z układu dopełniacza, a także kontrolując migrację leukocytów do ogniska zapalnego [47]. DAF / CD55 ulega ekspresji w śródbłonku naczyniowym, jednojądrzastych komórkach krwi obwodowej i komórkach nabłonkowych (w tym w nabłonku płucnym i endometrium) [48]. CD55 hamuje aktywację składników C3 i C5 układu dopełniacza [49]. Znaczący poziom ekspresji CD55 w nabłonku dróg oddechowych podkreśla znaczenie ochrony płuc przed uszkodzeniem w wyniku nadmiernej aktywacji układu dopełniacza. Warto zauważyć, że poziom ekspresji CD55 regulowany jest przez progesteron i estrogen [50].

SNP w promotorze genu CD55 (genotyp T / T rs2564978) jest związany z cięższym przebiegiem grypy A (H1N1) pdm09 [34]. W doświadczeniach in vitro stwierdzono, że zakażenie komórek wirusem grypy A (H1N1) pdm09 powoduje wzrost ekspresji białka CD55. U pacjentów z genotypem T / T rs2564978 poziom CD55 na powierzchni komórek jednojądrzastych krwi obwodowej był istotnie zmniejszony w porównaniu do pacjentów z genotypami C / C i C / T [51].

Aktywacja układu dopełniacza znacząco przyczynia się do klęski tkance płucnej z infekcją grypy. W płucach myszy zakażonych z wirusa grypy typu A (H5N1), wykryto wysoki poziom C3 C5b-9 MBL i podawanie antagonisty C3AR znacznie zmniejsza stan zapalny w tkance płuc [52].

Mutacja w promotorze genu CD55, widocznie prowadząca do zmniejszenia jej ekspresji, zakłóca wrodzony mechanizm ochrony płuc przed uszkodzeniem, w którym pośredniczy dopełniacz w zakażeniu grypą, zwiększając ryzyko ciężkiej choroby i śmierci.

W ramach rozważań nad problemem polimorfizmu genów ludzkich i ich związku z ciężkim przebiegiem infekcji grypowej, problem konsekwencji niewystarczającej odpowiedzi wrodzonej odporności na infekcję jest wyraźnie na pierwszym planie. Wiadomo, że aktywacja transkrypcji genów kodujących prozapalne cytokiny odgrywa ważną rolę w patogenezie skomplikowanej grypy [21].

W związku z tym szczególnie interesujący jest system genetycznej kontroli reakcji odporności wrodzonej na infekcję grypową i funkcji genów zaangażowanych w negatywną regulację ekspresji genów kodujących prozapalne cytokiny. Gen SOCS4 (supresor sygnału cytokiny 4) zajmuje jedną z kluczowych pozycji w hierarchii kontroli genetycznej aktywacji syntezy prozapalnych cytokin [36].

Naturalne zainteresowanie kontrolą genetyczną tych procesów ze strony naturalnych czynników. Ostatnio stwierdzono, że geny rodziny SOCS odgrywają ważną rolę w odstraszaniu nieswoistą wrodzoną odpowiedź immunologiczną na różnych patogenów. W szczególności, wynalazek dotyczy przede wszystkim do SOCS4 białka - tłumik układów sygnalizacyjnych cytokin 4. negatywnym regulatorem kontroli syntezy cytokiny, białko należy do główne czynniki chronią przed nadmierną odpowiedzią prozapalnych na zakażenie wirusowe. białka supresorowego w tej rodzinie sygnalizacji szlaku hamuje JAK / STAT, a tym samym sterowanie jednostki wrodzonej i nabytej odpowiedzi immunologicznej [36].

SECISBP2 - gen kodujący kompleks enzymatyczny (punkt wstawiania sekwencji wiążącą białko 2), który dostarcza białek struktura przełącznika selenocysteina [37]. Enzymy zawierającymi selenocysteina, część ochrony komórek układu redoks z rodników tlenowych. Wytwarzanie rodników tlenowych - komórki jest reakcją większości patogennych mikroorganizmów, w tym wirusów, [37]. W obecności mutacji genetycznych w syntezie amplifikacji genu SECISBP2 reaktywnych form tlenu prowadzi do zwiększenia wrażliwości komórek na system insulinowy, który występuje, na przykład, u myszy z genem knockout kodujący zawierająca selen antyoksydacyjne enzymy peroksydazy glutationowej I. klinicznie u ludzi wózek mutacje SECISBP2 przejawia Azoospermia osiowe dystrofii mięśniowej, naruszenie proliferacji limfocytów T w ogólnej immunosupresji. Nośniki tych mutacji ma wysoki poziom peroksydacji lipidów i oksydacyjne uszkodzenia DNA, co zmniejsza możliwość uszkodzenia naprawcze DNA i skracanie telomerów. Plejotropowe mutacji w genie zwany SECISBP2 zaburzenia selenoproteoma w [37]. Naturalnie, to dziedziczna wada powinna pojawić się szczególnie dotkliwy w przypadku grypy i rozwoju zapalenia płuc grypy. Wiadomo, że leczenie przeciwutleniacz grypy można osiągnąć znaczne efekty terapeutyczne w odniesieniu do środka zespołu alkoholowego i do zapobiegania incydentom sercowo-naczyniowym [52].

Wyniki

Zrozumienie polimorfizmów genetycznych w pewnych genów pozwala na ukierunkowanie rozwoju systemowym leczeniu grypy, z naciskiem na fenotypowych przejawów mutacji na podstawie występowania dziedzicznej predyspozycji do dnia ciężkich powikłań grypy wśród grup ryzyka oraz genetycznych w populacji ogólnej.

Pomimo możliwości szerokiego rozpowszechnienia mutacji w obrębie zidentyfikowanych genów związanych z nadwrażliwością na grypę, należy uznać, że najważniejszym czynnikiem pozostaje skuteczność prezentacji antygenów wirusowych w grupach populacji o różnych typach HLA [10, 12].

Śmiertelność spowodowana grypą jest rejestrowana w ostrym okresie choroby i zwykle u szczytu epidemii, a następnie, jako "opóźniona śmiertelność", między 1 a 3 miesiącem po chorobie. Zwykle śmiertelny wynik jest związany z równoczesnymi chorobami, zwykle patologią sercowo-naczyniową. Najczęściej jest to atak serca, często udaje się zarejestrować udar. Zatem, analizując tło genetyczne populacji, należy wziąć pod uwagę te czynniki.

Literatura

1. Karpova LS, Sominina AA, Dmitrieva MN, Popovtseva NM, Stolyarova TP, Kiselev OI. Porównanie pandemii grypy w Rosji w latach 2009-10. z kolejnymi epidemiami grypy A (H1N1) pdm09 (2011-2014). Epidemiologia i prewencja szczepionek 2014; 79 (6), 8-9.

2. Monto AS. Ryzyko sezonowej i pandemicznej grypy: perspektywy kontroli. Clin Infect Dis 2009; 48, Suppl 1, S20-5.

3. Taubenberger JK, Morens DM. 1918 Grypa: matka wszystkich pandemii. Emerg Infect Dis 2006; 12.15-22.

4. Wagner AP, McKenzie E, Robertson C, McMenamin J, Reynolds A, Murdoch H. Automatyczne monitorowanie śmiertelności w Szkocji od 2009 r. Euro Surveill 2013; 18, 20451.

5. Dawood FS Iuliano AD Reed C Meltzer MI Shay DK Cheng PY, Bandaranayake D Breiman RF Brooks WA, Buchy P Feikin DR Fowler KB, Gordon A, Hien NT Horby P Huang QS Katz mgr Krishnan A Lal R, Montgomery JM Molbak K Pebody R Presanis AM Razuri H Steens A Tinoco yo Wallinga J. Yu H Vongów S Bresee J Widdowson mA. Szacowana globalna śmiertelność związana z pierwszymi 12 miesiącami 2009 krążenia wirusa grypy pandemicznej A H1N1: badanie modelowania. Lancet Infect Dis 2012; 12, 687-95.

6. Davila J Chowell G Borja-Aburto VH Viboud C Grajales Muniz C Miller, M. Istotne zachorowalność i śmiertelność związaną z pandemii grypy A / H1N1 w Meksyku, zima 2013-2014: Stopniowe Wiek Shift i nasilenia. PLoS Curr 2014; 6.

7. Arankalle VA, Lole KS, Arya RP, Tripathy AS, Ramdasi AY, Chadha MS, Sangle SA, Kadam DB. Rola odpowiedzi immunologicznej gospodarza i ładunku wirusowego w różnicowym wyniku pandemicznego zakażenia wirusem grypy H1N1 (2009) u Indian. PLoS ONE 2010; 5.

8. Webb SA Pettila V Seppelt I Bellomo R, Bailey M. Cooper DJ, Cretikos M. Davies AR, Finfer S Harrigan pW Hart GK, Howe B IREDELL JR, McArthur C, Mitchell I Morrison S Nichol AD, Paterson DL, Peake S, Richards B, D Stephens Turner a, Yung M. usługi Critical Care i 2009 H1N1 w Australii i Nowej Zelandii. N Engl J Med 2009; 361,1925-34.

9. Oshansky CM, Thomas PG. Ludzka strona grypy. J Leukoc Biol 2012; 92, 83-96.

10. Alexander J., Bilsel P, del Guercio MF, Marinkovic-Petrovic A, Southwood S, S Stewart, Ishioka G Kotturi MF Botten J, Sidney J, Newman M, Sette A. Identyfikacja szerokich wiązania epitopów HLA klasy I supertypem w celu zapewnienia powszechnego zasięgu wirusa grypy A. Hum Immunol 2010; 71, 468-74.

11. Hz T Oshansky CM Roddam PL, DeVincenzo JP Caniza mgr Jojic N Mallal S Phillips e James I Halloran ME Thomas PG Corey L. HLA kierowania wydajność koreluje z ludzkiej komórki T i wielkość odpowiedzi ze śmiertelnością z powodu infekcji grypy A. Proc Natl Acad Sci U S A 2013; 110,13492-7.

12. Hz T Nolan D James I, John M Gaudieri S Phillips e Huang JC Riadi G Mallal S Jojic N. Mapowanie krajobrazu gospodarz-patogen koewolucji: HLA klasy I wiązania i jego związek z ewolucyjny ochrona w białkach ludzkich i wirusowych. J Virol 2011; 85, 1310-21.

13. Brass AL Huang IC, Benita Y, John SP Krishnan MN, Feeley EM, Ryan BJ, Weyer JL van der Weyden L, Fikrig E Adams DJ Xavier RJ, Farzan M, Elledge SJ. Wirus H1N1, wirus Zachodniego Nilu i wirus dengi. Cell 2009; 139, 1243-54.

14. Hui DS, Hayden FG. Komentarz redakcyjny: Czynniki gospodarza i wirusy w pojawiających się infekcjach wirusem grypy. Clin Infect Dis 2014; 58, 1104-6.

15. Bowles NE, Arrington CB, Hirono K, Nakamura T, Ngo L, Wee YS, Ichida F, Weis JH. Pacjenci z chorobą Kawasaki homozygotyczni pod względem wariantu rs12252-C indukowanego interferonem białka śródbłonowego-3 są znacznie bardziej podatni na rozwój zmian w tętnicach wieńcowych. Mol Genet Genomic Med 2014; 2, 356-61.

16. Rowley AH Baker SC ST Shulman Rand KH Tretiakova MS Perlman EJ Garcia FL, Tajuddin NF Fox LM Huang JH Ralphe JC Takahashi K Flatow J. Lin S Kalelkar MB Soriano B Orenstein JM. Ultrastrukturalna, immunofluorescencji i RNA dowody potwierdzają hipotezę o „nowej” wirusem związanym z chorobą Kawasaki. J Infect Dis 2011; 203, 1021-30.

17. Horby P, Nguyen NY, Dunstan SJ, Baillie JK. Rola genetyki gospodarza w podatności na grypę: przegląd systematyczny. PLoS ONE 2012; 7, e33180.

18. Everitt AR Clare S Pertel T John SP Mycie RS Smith SE podbródka CR Feeley EM Sims JS Adams DJ, Wise HM Kane L Goulding D Digard P Anttila V Baillie JK Walsh TS Hume DA Palotie a Xue Y Colonna V Tyler-Smith C Dunning J Gordon SB Smyth RL Openshaw PJ, Dougan G, mosiądz Al, Kellam P. IFITM3 ogranicza zachorowalność i śmiertelność związaną z grypą. Natura 2012; 484, 519-23.

19. Zhang YH Zhao Y Li N Peng YC, Giannoulatou e Jin RH Yan HP Wu H Liu JH Liu N Wang DY Shu yl, Ho LP Kellam P McMichael A Dong T. Interferonowy transbłonowy wariant białka-3 białka rs12252-C jest związany z ciężką grypą u Chińczyków. Nat Commun 2013; 4, 1418.

20. Everitt AR Clare S McDonald JU Kane l, Harcourt K Ahras M Lall A Hale C Rodgers A Młode DB Haque A Billker O Tregoning JS, Dougan G Kellam P. Określenie zakresu patogenów podatnych na ograniczenie Ifm3 za pomocą knockout mysiego modelu. PLoS ONE 2013; 8, e80723.

21. Wang Z Zhang A, Wan Y, Liu X, Qiu C Xi X Ren Y Wang J Dong Y Bao K, Li L, Zhou M Yuan S Sun J, Zhu Z, Chen L li P, Zhang z, Zhang X, Lu S Doherty PC Kędzierska K Xu J Wczesne hypercytokinemia wiąże się z interferonu indukowana transbłonowego białka 3 dysfunkcji przewidywaniu H7N9 śmiertelnej infekcji. Proc Natl Acad Sci U S A 2013; 111, 769-74.

22. Feeley EM, Sims JS, John SP, Chin CR, Pertel T, Chen LM, Gaiha GD, Ryan BJ, Donis RO, Elledge SJ, Brass AL. IFITM3 hamuje infekcję wirusem grypy A przez zapobieganie wprowadzaniu cytosoli. PLoS Pathog 2011; 7, e1002337.

23. Wrensch F, Winkler M, Pohlmann S. IFITM, białka hamowane przez białko wypustek koronawirusa MERS: dowód na mechanizmy niezależne od cholesterolu. Wirusy 2014; 6, 3683-98.

24. Wee YS, Roundy KM, Weis JJ, Weis JH. Białka transbłonowe indukowalne przez interferon z wrodzonej odpowiedzi immunologicznej działają jako organizatory błony przez wpływ na lokalizację i funkcję klatryny i v-ATPazy. Innate Immun 2012; 18, 834-45.

25. Blaising J, Levy PL, Polyak SJ, Stanifer M, Boulant S, Pecheur EI. Arbidol hamuje wchodzenie wirusa przez interferencję z handlem zależnym od klatryny. Antiviral Res 2013; 100, 215-9.

26. Cunningham F amode MR Barrell D Beal K Billis K Brent S Carvalho-Silva D Clapham P Coates G Fitzgerald południe Gil L Giron CG Gordon L Hourlier T Hunt SE Janacek SH Johnson N Juettemann T Kahari Ak Keenan S, Martin FJ, Maurel T McLaren W Murphy DN Nag R Overduin B Parker A Patricio M Perry E Pignatelli M Riat HS Sheppard D Taylor K Thormann A Vullo A Wilder SP Zadissa A, Aachen, BL, Birney E Brona J Kinsella R Muffato M Ruffier M Searle SM Spudich G Trevanion SJ Yates A Zerbino DR Flicek P, Ensembl 2015. Nucleic Acids Res; 43, D662-9.

27. Ramirez-Martinez G Cruz-Lagunas A, Jimenez-Alvarez l, Espinosa, E, Ortiz-Quintero B Santos-Mendoza T Herrera MT, Canche-Grupa E, Mendoza C Banales JL Garcia Moreno SA Moran J Cabello C Orozco l, Aguilar-Delfin i-Hidalgo Miranda a Romero S Suratt BT Selman M Zuniga J. sezonowe, pandemia grypy H1N1 wirusy wywołują ekspresję różnicową w SOC-1 i RIG-i i geny cytokin / produkcja chemokin w makrofagach. Cytokine 2013; 62, 151-9.

28. Mizuguchi M, Yamanouchi H, Ichiyama T, Shiomi M. Ostra encefalopatia związana z grypą i innymi infekcjami wirusowymi. Acta Neurol Scand Suppl 2007; 186, 45-56.

29. Do KK, Zhou J, Song YQ, Hung IF, Ip WC, Cheng ZS, Chan AS, Kao RY, Wu AK, Chau S, Luk WK, Ip MS, Chan KH, Yuen KY. Polimorfizm genu B białka surfaktanta wiąże się z ciężką grypą. Skrzynia 2014; 145: 1237-43.

30. Puthothu B, Forster J, Heinze J, Heinzmann A, Krueger M. Polimorfizmy białka B surfaktanta są związane z ciężkim zakażeniem wirusem oddechowym, ale nie z astmą. BMC Pulm Med 2007; 7, 6.

31. Zarychanski R Stuart TL Kumar A Doucette S Elliott L Kettner J Plummer F. korelaty ciężką chorobę u pacjentów z 2009 pandemii grypy A (H1N1), infekcji wirusowej. CMAJ 2010; 182, 257-64.

32. Worgall S, Bezdicek P, Kim MK, Park JG, Singh R, Christofidou-Solomidou M, książę A, Kovesdi I, Schreiber AD, Crystal RG. Zwiększenie obrony gospodarza płuc przed Pseudomonas przez przeniesienie cDNA FcgammaRIIA do nabłonka oddechowego. J Clin Invest 1999; 104, 409-18.

33. La Ruche G Tarantola A Barboza P Vaillant L Gueguen J Gastellu-Etchegorry M. populacje pandemii grypy H1N1 i rodzime z 2009 r Ameryki i Pacyfiku. Euro Surveill 2009; 14.

34. Zhou J, KK, Dong H Cheng ZS, Lau CC, Poon VK, wentylator YH, utwór Yq TSE H, Chan kH Zheng BJ Zhao GP Yuen KY. Funkcjonalna odmiana CD55 zwiększa nasilenie infekcji wirusem H1N1 grypy A w 2009 r. J Infect Dis 2012; 206, 495-503.

35. Zuniga J Buendia-Roldan I Y Zhao, Jimenez L Torres D Romo J Ramirez G Cruz A Alarcon-Vargas G Sheu CC, Chen K, Ni L Tager AM Pardo A Selman M, Christiani DC. Warianty genetyczne związane z ciężkim zapaleniem płuc w zakażeniu grypą A / H1N1. Eur Respir J 2011; 39, 604-10.

36. Kedzierski L, Linossi EM, Kolesnik TB, Day EB, Bird NL, Kile BT, Belz GT, Metcalf D, Nicola NA, Kedzierska K, Nicholson SE. Supresor sygnalizacji 4 cytokiny (SOCS4) chroni przed silną burzą cytokinową i zwiększa klirens wirusa podczas zakażenia grypą. PLoS Pathog 2014; 10, e1004134.

37. Schoenmakers E Agostini M Mitchell C Schoenmakers N Papp L Rajanayagam O Padidela R Céron Gutierrez-L Doffinger R Prevosto C Luan J Montano S Lu J Castanet M Clemons N Groenenveld M Castets P Karbaschi M Aitken S Dixon A Williams J Campi I Blount M Burton H Muntoni F O'Donovan D Dean A Warren A Brierley C Baguley D Guicheney P Fitzgerald R Coles A Gaston H Todd P Holmgren A Khanna KK Cooke M Semple R Halsall D Wareham N Schwabe J Grasso L Beck-Peccoz P Ogunko A Dattani M Gurnell M, Chatterjee K. Mutacje w kierunku wkładania selenocysteina sekwencję białka wiążącego 2 genu prowadzą do wielosystemowego zaburzenia niedoboru selenoproteiny u ludzi. J Clin Invest 2010; 120, 4220-35.

38. Nawet Y, Durieux S, Escande ML, Lozano JC, Peaucellier G, Weil D, Geneviere AM. CDC2L5 i kinaza podobna do Cdk z domeną RS, oddziałuje z białkiem p32 związanym z ASF / SF2 i wpływa na splicing in vivo. J Celi Biochem 2006; 99, 890-904.

39. Sunayama J Ando Y, Itoh N Tomiyama A Sakurada K Sugiyama A Kang D, Tashiro K, Gotoh Y Kuchino Y Kitanaka C Fizyczne i funkcjonalną interakcję między BH3 tylko białka Hrk i mitochondriów porotwórczego białko p32. Cell Death Differ 2004; 11, 771-81.

40. Lim BL, Reid KB, Ghebrehiwet B, Peerschke EI, Leigh LA, Preissner KT. Wiązanie białkowe dla kulistych głów dopełniacza C1q, gC1qR. Funkcjonalna ekspresja i charakterystyka jako nowy czynnik wiążący witronektynę. J Biol Chem 1996; 271, 26739-44.

41. Chattopadhyay C, Hawke D, Kobayashi R, Maity SN. Ludzki p32 oddziałuje z podjednostką B czynnika wiążącego CCAAT, CBF / NF-Y i hamuje aktywację transkrypcji za pośrednictwem CBF in vitro. Nucleic Acids Res 2004; 32, 3632-41.

42. Huang L, Chi J, Berry FB, Footz TK, Sharp MW, Walter MA. Ludzki p32 jest nowatorskim białkiem oddziałującym z FOXC1, które reguluje aktywność transkrypcyjną FOXC1 w komórkach ocznych. Invest Ophthalmol Vis Sci 2008; 49, 5243-9.

43. Yoshikawa H Komatsu W, Hayano T Miura Y Homma K Izumikawa K Ishikawa H Miyazawa N Tachikawa H Yamauchi Y Isobe T N. Takahashi czynnik Łączenie 2-associated protein p32 uczestniczy w rybosomu przez biogenezy regulujące wiązanie Nop52 i fibrylariny z cząstkami preribosomu. Mol Cell Proteomics 2011; 10, M110 006148.

44. Petersen-Mahrt SK Estmer C Ohrmalm C Matthews DA Russell WC Akusjarvi G. Białko czynnika związana forniru, p32 reguluje składanie RNA poprzez hamowanie ASF / SF2 RNA wiązania i fosforylacji. EMBO J 1999; 18, 1014-24.

45. Reef S, Shifman O, Oren M, Kimchi A. Autofagowy induktor smARF oddziałuje i jest stabilizowany przez mitochondrialne białko p32. Oncogene 2007; 26, 6677-83.

46. ​​Ghebrehiwet B, Lu PD, Zhang W, Keilbaugh SA, Leigh LE, Eggleton P, Reid KB, Peerschke EI. Dowód na to, że dwa białka błonowe wiążące Clq, gC1q-R i cC1q-R, wiążą się tworząc kompleks. J Immunol 1997; 159, 1429-36.

47. Sakuma M, Morooka T, Wang Y, Shi C, Croce K, Gao H, Strainic M, Medof ME, Simon DI. Wewnętrzny czynnik regulujący przyspieszanie rozpadu moduluje reakcję biologiczną na uszkodzenie naczyń. Arterioscler Thromb Vasc Biol 2010; 30,1196-202.

48. Uhlen M Fagerberg L Hallstroma BM Lindskog C Oksvold P Mardinoglu A Sivertsson A Kampf C SJÖSTEDT E Asplund A Olsson I Edlund K Lundberg E Navani S Szigyarto CA, Odeberg J Djureinovic D Takanen JO Hober S Alm T Edqvist PH Berling H Tegel H Mulder J Rockberg J Nilsson P Schwenk JM, Hamsten K, von Feilitzen K Forsberg M Persson l, Johansson, K, Zwahlen M, von Heijne G, Nielsen J, Ponten F. Proteomics. Mapa ludzkiego proteomu na tkankach. Science 2015; 347, 1260419.

49. Kuttner-Kondo LA, Mitchell L, Hourcade DE, Medof ME. Charakterystyka miejsc aktywnych w czynniku przyspieszającym rozkład. J Immunol 2001; 167, 2164-71.

50. Nowicki B, Nowicki S. DAF jako cel terapeutyczny dla hormonów steroidowych: implikacje dla interakcji gospodarz-patogen. Adv Exp Med Biol 2013; 735, 83-96.

51. Shang Y Chai N Gu Y Ding L Yang Y, Zhou J, Ren G Hao X kołowy D Wu K Nie Y. Systematyczne Analiza immunohistochemiczna ekspresji CD46, CD55 i CD59 w okrężnicy rak. Arch Pathol Lab Med 2014; 138, 910-9.

52. Sun S Zhao G, Liu C, Wu X, Y Guo Yu H H piosenki Du L, Jiang S Guo R Tomlinson S, Y. Zhou hamowania aktywacji dopełniacza zmniejsza ostre uszkodzenie płuc indukowanym przez patogenne zakażenie wirusem ptasiej grypy H5N1. Am J Respir Cell Mol Biol 2013; 49, 221-30.

Jest napisane na rodzinie

Dlaczego niektórym ludziom grypa jest banalna, a dla innych śmiertelna?

Według ekspertów, których dane znacznie różnią się od oficjalnych statystyk, każdego roku w Rosji około trzech milionów ludzi cierpi na grypę. Dla 20 000 z nich ta infekcja staje się śmiertelna. Dlaczego na jakąś grypę - banalne złe samopoczucie, ale dla innych - poważną chorobę z poważnymi powikłaniami? Międzynarodowa grupa wirusologów z instytucji badawczych w Wielkiej Brytanii i Stanach Zjednoczonych była bliska odpowiedzi na to pytanie.

Od dawna wiadomo, kto częściej choruje na grypę: dzieci, osoby starsze i osoby, które już cierpią na choroby przewlekłe, są zagrożone. Jednak nierzadko zdarza się, że grypa z ciężkimi powikłaniami dosłownie sprowadza mężczyznę w średnim wieku, który wcześniej miał doskonałe zdrowie. Podczas świńskiej grypy H1N1 w latach 2009-2010 takie przypadki były szczególnie wysokie. Światowa Organizacja Zdrowia następnie stwierdziła, że ​​większość osób z grypą miała umiarkowane objawy, a ci, którzy mieli trudności w radzeniu sobie z chorobą i byli hospitalizowani, mieli tylko 5-7 procent. Ale 40 procent zmarłych z ciężkimi powikłaniami miało dokładnie pięty - nie mieli żadnych czynników ryzyka. Wśród tych, którzy zmarli na grypę, prawie tyle samo. Kolejna osobliwość: wirus, który stał się stosunkowo nieszkodliwy dla większości populacji świata, w niektórych miejscach wykorzenił wyłącznie krewnych - członków tej czy innej rodziny. Wielu podejrzewało, że mutacje patogenów są odpowiedzialne za wszystko. Jednak wszystko potoczyło się inaczej.

Naukowcy z Instytutu Senger w Wielkiej Brytanii i Instytutu Ragona w Centralnym Szpitalu Massachusetts w Stanach Zjednoczonych postanowili zbadać problem, odwołując się do mechanizmów odporności wrodzonej. „Kiedy ludzie mówią o układzie odpornościowym, najczęściej mamy na myśli odporności adaptacyjnej: w odpowiedzi na patogeny dostają się do organizmu wytwarza specyficzne dla każdego z tych przeciwciał, są przygotowani do reagowania na nie - mówi immunolog znany rosyjski akademik RAN ​​i RAMS Rem Petrov. - Teraz jednak uwagę naukowców przyciąga inny, bardziej pradawny system odporności, pozwalający ciału szybko odzwierciedlić inwazję każdego, nawet zupełnie nieznanego wroga. Przez wrodzoną odporność rozumie się całą kaskadę reakcji immunologicznych, które następują jeden za drugim - niektóre etapy są uwzględniane po innych. "

W polu widzenia międzynarodowej grupy naukowców badających naturę grypy, otrzymało tak zwane indukowalne przez interferon białko transbłonowe IFITM3. "Jak sama nazwa wskazuje, to białko podczas odpowiedzi immunologicznej zaczyna działać po interferon, co daje sygnał o obecności infekcji w organizmie" - mówi Rem Petrov. Eksperymenty z kulturami komórkowymi in vitro ujawniły ważną funkcję IFITM3. Kiedy obcy wirus dostanie się do organizmu, to właśnie to białko nie pozwala mu przejść do jądra, gdzie może uruchomić mechanizm namnażania wirusa, a tym samym powstrzymać rozwój infekcji. Ebraham Brass z Instytutu Ragona wykazał, że IFITM3 blokuje namnażanie wirusów w kulturach komórkowych. Jednak in vitro i in vivo - w rzeczywistości dwa różne światy. To, co znajduje się na płytce Petriego pod mikroskopem, niekoniecznie działa w żywej tkance. Według Paula Kellama z Instytutu Sengera naukowiec w końcu zdołał się dowiedzieć, że IFITM3 naprawdę tworzy w ciele decydującą linię obrony przed grypą. Ale wcześniej Kellam i Brass musieli przeprowadzić serię eksperymentów.

Najpierw naukowcy postanowili sprawdzić swoją hipotezę na zwierzętach laboratoryjnych. Aby to zrobić, wzięli specjalną linię myszy transgenicznych z "wyłączonym" genem IFITM3 i grupą kontrolną konwencjonalnych myszy. Zarażając obie grupy nieszkodliwym wirusem grypy o niskiej chorobotwórczości, zaczęto czekać na wynik. Konwencjonalne myszy doznały dobrze zakażenia. Szybko powrócili do zdrowia, prawie nie tracąc na wadze. Ale myszy transgeniczne miały bardzo złe. "Brak białka IFITM3 doprowadził do przemijającego zapalenia płuc. Wyrządzone przez nią szkody bardzo przypominają obraz, który zaobserwowano w 1918 r. Na infekcjach osób wysoce patogennych wirusów "Hiszpanów", - autorzy notatki badawczej. W ciągu sześciu dni myszy transgeniczne straciły jedną czwartą swojej wagi, a ilość wirusa wykrytego w płucach była dziesięciokrotnie większa niż u normalnych myszy. Oczywiście nikt nie przeprowadziłby takich morderczych eksperymentów na ludziach. Dlatego na razie kwestia, w jaki sposób rozkład genów kodujących białko IFITM3 wpływa na rozprzestrzenianie się grypy u ludzi, pozostaje otwarty.

Rozwiązanie zostało znalezione, gdy naukowcy zdecydowali się pójść z przeciwnej strony. W rzeczywistości, jeśli nie możesz zebrać grupy ludzi z defektami w białku IFITM3 i sprawdzić ich działanie, to dlaczego nie przyjrzeć się bliżej tym, którzy już cierpieli na grypę podczas epidemii? Naukowcy wybrali 53 osoby spośród tych, którzy weszli do szpitala z najgorszymi objawami świńskiej grypy i przeanalizowali ich genom. Okazało się, że dla większości z nich gen kodujący białko IFITM3 był całkowicie prawidłowy. Wynik tego badania był jednak imponujący. W końcu okazało się, że niewielka grupa osób, które miały grypę była bardzo trudna, miała rozpad tego genu: odpowiadające białko było krótsze niż zwykle, o 21 aminokwasów, a zatem działało nieprawidłowo. Chodzi o proporcje. Osoby, u których stwierdzono wadę genu, stanowiły 5,7% wśród osób dotkniętych grypą. I średnio na populacji ta wada genetyczna spotyka się z częstotliwością 0,3 procent. Oznacza to, że wśród ofiar było kilkadziesiąt razy więcej osób z załamaniem genów niż w całej populacji. Połączenie zostało ustanowione. Jednak naukowcy zmieniliby się, gdyby nie próbowali zweryfikować tych danych.

Aby to zrobić, ponownie wrócili do hodowli komórkowych in vitro. W tym czasie, zajęło zaledwie trzy rodzaje komórek: te z białkiem IFITM3 było normalne, ci, z którymi był nieobecny, a te, w których białko został skrócony o 21 aminokwasów. Kiedy naukowcy wprowadzili wirusa do probówek, wynik nie był długi. Białka "normalne" IFITM3, jak zwykle, natychmiast stawia linię obrony przed patogenem. Ale skrócone białka tego genu były bardzo złymi wojownikami w walce z grypą. Jego cytadela - jądro komórki - przeszła prawie bez walki, pozwalając wirusowi się rozmnażać. Wynik eksperymentu prawie nie różnił się od tego, co zrobiono z komórkami pozbawionymi ważnego białka. W związku z tym przyczyna poważnych powikłań grypy podczas epidemii może rzeczywiście zostać skrócona IFITM3.

„Naukowcy byli w stanie ujawnić jeden z podstawowych mechanizmów zakażenia konfrontacji” - mówi dyrektor Instytutu Badań grypy RAMS Oleg Kisielewa. Wydaje się, że w ośrodkach medycznych i genetycznych buduje się już linię pacjentów. Z jednej strony, o zagrożeniach i korzyściach szczepienia w ostatnich latach nie tylko mówi leniwy, drugi - grypie, robimy po prostu to, aby uniknąć poważnych powikłań. I wydaje się, że jest to sposób na zidentyfikowanie tych, dla których szczepienia są niezbędne. Jednak eksperci ostrzegają: dopóki ostateczna jasność nie jest jeszcze daleko. Przypomnijmy dane z eksperymentu: załamanie IFITM3 stwierdzono u 5,7% pacjentów, którzy zostali pokonani przez grypę. Oznacza to, że 94,3 procent przypadków ciężkich powikłań grypy pozostaje dla nas zagadką. "W złożonym zespole odporności wrodzonej naukowcom udało się jak dotąd zdemontować partię tylko jednego instrumentu" - mówi Rem Petrov. "Musimy również szczegółowo przyjrzeć się innym reakcjom immunologicznym." Jednak cokolwiek powiesz, wynik jest już napisany, a to całkiem sporo. "Kolejny krok został podjęty w kierunku spersonalizowanej medycyny przyszłości", mówi Siergiej Netesow, prorektor ds. Pracy naukowej w Nowosybirskim Uniwersytecie Państwowym. I teraz możemy marzyć, że gdy analiza genetyczna stanie się tańsza i bardziej dostępna, lekarze będą mogli łatwo przyjąć 0,3 procent tych, którzy z powodu uszkodzeń genów IFITM3 są zabójczy. I chronić je przed sezonowymi chorobami za pomocą wszelkich dostępnych środków - w tym za pomocą szczepionek. Takie podejście nie wydaje się już fantastyczne.

Odporność może walczyć z chorobą wątroby

Wątroba otrzymuje nie tylko bogatą w tlen krew tętniczą z tętnicy wątrobowej, ale także krew żylną wypływającą z jelit, z żyłą wrotną. A to oznacza, że ​​wątroba jest ważnym narządem na drodze infekcji, która rozprzestrzenia się krwią.

Aby przeciwdziałać infekcji, wątroba zawiera wiele komórek odpornościowych, które biorą udział w wykrywaniu i wychwytywaniu patogenów we krwi. Wszystkie z tych komórek - uczestnicy dużej skoordynowanego programu odpowiedzi immunologicznej, którego celem jest usunięcie czynników zakaźnych, atrakcji dodatkowych wojsk z białych krwinek (leukocytów) i generowania sygnału niebezpieczeństwa powstało. Ponadto wątroba może odróżnić prawdziwie szkodliwe czynniki obce od zwykłych obcych czynników, które pochodzą z pożywienia.
Tak więc, wątroba utrzymuje równowagę między zapewnieniem odpowiedzi immunologicznej i kontrolowaniem jej nadmiernej odpowiedzi, co sprawia, że ​​jest ona - obok wielu innych funkcji - ważnym narządem, który pomaga układowi odpornościowemu. Dlatego ważne jest, aby szczególnie dbać o wątrobę i nie zapomnieć o potrzebie zdrowego odżywiania, witamin, niezbędnych fosfolipidów i mikroelementów.
Rola wątroby w tworzeniu odpowiedzi immunologicznej mająca na celu ochronę przed obcymi czynnikami jest nadal badana. Na przykład w 2015 r. Naukowcy z University of Adelaide (Australia) odkryli rolę rodziny genów hamujących rozwój wirusa zapalenia wątroby typu C w wątrobie. Wyniki badania opublikowano w Dziennik chemii biologicznej.
Wirus zapalenia wątroby typu C jest poważnym problemem w Australii i na całym świecie, około 223000 Australijczyków jest zakażonych wirusem zapalenia wątroby typu C, które jest przenoszone z zakażoną krwią. Niewidoczna infekcja może prowadzić do przewlekłych chorób i raka wątroby - i oba te warunki występują częściej.

Naukowcy po raz pierwszy wykazali, że białka przeciwwirusowe IFITM, wytwarzane przez nasz układ odpornościowy, mogą zapobiegać przenikaniu wirusów zapalenia wątroby typu C do komórek.
Profesor Michael Beard, szef laboratorium patogenezie chorób wirusowych, powiedział: „Teraz dowiedzieliśmy się wiele o tym, jak białka IFITM pracę w wątrobie i jak tłumią one wirusem zapalenia wątroby typu C lepsze zrozumienie reakcji organizmu na wprowadzeniu wirusa, możemy opracować nowe metody leczenia: w celu wzmocnienia reakcja organizmu lub naśladowanie go, w celu dokładnego zniszczenia wirusów. "
Wcześniejsze doświadczenia laboratoryjne wykazały, że białka IFITM1, IFITM2 i IFITM3 są zdolne do hamowania infekcji powodowanych przez różne wirusy, włączając wirus zapalenia wątroby typu C, ale rola tych białek pozostała tajemnicy do niedawna w zwalczaniu infekcji.
Profesor Bird i absolwent Sumud Narayana zbadali wpływ tych białek na wirusy zapalenia wątroby typu C w komórkach wątroby. Udało im się wykazać, że komórki wątroby, które syntetyzują dużą liczbę białek IFITM, są odporne na zakażenie wirusem, ponieważ nie pozwalają mu przeniknąć do wnętrza.
Naukowcy wykazali interakcję pomiędzy tymi białkami a wirusem próbującym dostać się do komórki. Wygląda na to, że w celu przeciwdziałania wirusom białka działają razem. Dane te otwierają nowe sposoby zapobiegania rozwojowi wirusowego zapalenia wątroby.

Białko transbłonowe indukowane interferonem 3

IFITM3

Wynik adnotacji: 5 na 5

Wynik adnotacji zapewnia heurystyczną miarę zawartości adnotacji wpisu lub proteomu UniProtKB. Ten wynik nie mogę służy jako miara dokładności adnotacji.

- Dowody eksperymentalne na poziomie białka i

Wskazuje to na rodzaj dowodów potwierdzających istnienie białka. Należy zauważyć, że "istnienie białka" nie dostarcza informacji na temat dokładności lub poprawności wyświetlanych sekwencji.

Wybierz sekcję po lewej, aby zobaczyć zawartość.

Ta sekcja dostarcza użytecznych informacji na temat białka, głównie wiedzy biologicznej.

Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

Projekt Gene Ontology (GO) dostarcza zestaw hierarchicznie kontrolowanego słownictwa podzielonego na 3 kategorie:

GO - Proces biologiczny i

  • odpowiedź obronna na wirusa Źródło: UniProtKB

Wnioskowane z Direct Assay

Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

Wnioskowane z bezpośredniego testu i

  • 21478870
  • odpowiedź immunologiczna Źródło: ProtInc

    Wytyczne dotyczące śledzenia

    Służy do uzyskiwania informacji z artykułów przeglądowych, w których oryginalne eksperymenty można prześledzić w tym artykule, a także w celu uzyskania informacji z podręczników lub słowników.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Wnioskowane z bezpośredniego testu i

    • 21253575
  • Odpowiedź na wirusa Źródło: UniProtKB

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    UniProtKB Słowa kluczowe: kontrolowane słownictwo o strukturze hierarchicznej. Słowa kluczowe podsumowują zawartość wpisu UniProtKB i ułatwiają wyszukiwanie interesujących białek.

    Bazy danych enzymów i szlaków

    Reactome - baza wiedzy o biologicznych ścieżkach i procesach

    Bazy danych rodziny / grupy białek

    Baza danych klasyfikacji transportu

    Ta sekcja zawiera informacje o białku i nazwie (nazwach) genu i synonimach oraz o organizmie, który jest źródłem sekwencji białka.

    Imiona Taksonomia i

    Ta podsekcja sekcji Nazwy i taksonomia zawiera wyczerpującą listę wszystkich nazw białek, od powszechnie używanych do przestarzałych, w celu umożliwienia jednoznacznej identyfikacji białka.

    Nazwy białek i

    Ta podsekcja sekcji Nazwy i taksonomia wskazuje nazwę (-y) genu (-ów) kodujących sekwencję (-y) białka (-ów) w pozycji. Istnieją cztery różne tokeny: "Nazwa", "Synonimy", "Nazwy locus uporządkowane" i "Nazwy ORF".

    Ta podsekcja sekcji Nazwy i taksonomia dostarcza informacji o nazwie (nazwiskach) organizmu, który jest źródłem sekwencji białka.

    Ta podsekcja sekcji Nazwy i taksonomia pokazuje unikalny identyfikator przypisany przez NCBI do źródła białka. Jest to znane jako "identyfikator taksonomiczny" lub "taksid".

    Identyfikator taksonomiczny i

    Ta podsekcja imion i taksonomii zawiera taksonomiczną hierarchiczną klasyfikację organizmu źródłowego. Są to listy węzłów pojawiających się w drzewie taksonomicznym, z bardziej ogólnymi grupami wymienionymi jako pierwsze.

    Linia taksonomiczna i

    Ta podsekcja nazw i taksonomii jest częścią proteomu, tj. zestawu geniuszy zostały całkowicie zsekwencjonowane.

    Proteom UniProt może składać się z kilku składników.
    Nazwa komponentu odnosi się do komponentu genomowego kodującego zestaw białek.
    Obejmują one od pojedynczego składnika, takiego jak genom wirusa, do kilku składników, jak w przypadku chromosomów eukariotycznych. Mogą również reprezentować różne etapy w projekcie genomu i zawierać komponenty, takie jak kontigi, rusztowania lub rekordy główne całego genomu shotgun (WGS).

    Komponent i: Chromosom 11

  • Organizacyjne bazy danych

    Źródła bazy danych eukariotycznych patogenów

    Baza danych nomenklatury człowieka

    Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)

    neXtProt; platforma wiedzy o białkach człowieka

    Ta sekcja zawiera informacje na temat lokalizacji i topologii dojrzałego białka w komórce.

    Lokalizacja subkomórkowa i

    zewnątrzkomórkowego regionu lub wydzielane membrana Cytosol plazmowe urządzenie Cytoszkielet lizosom endosomów peroksysomów ER Golgiego Nucleus mitochondrium Instrukcja adnotacji Automatyczne Graphics obliczeniowa twierdzenie Christian Stolte; Źródło: PRZEGLĄDY

    Błona plazmatyczna
    Lizosom
    Endosom
    Endosom
    • membrana endosomu późnego Źródło: UniProtKB-SubCell
  • Lizosom
    • błona lizosomalna Źródło: UniProtKB-SubCell
  • Błona w osoczu
    • membrana plazmowa Źródło: UniProtKB

    Wnioskowane z Direct Assay

    Służy do wskazywania bezpośredniego testu dla funkcji, procesu lub komponentu wskazanego przez termin GO.

    Więcej informacji w przewodniku po kodzie dowodowym GO

    Inne lokalizacje
    • integralny składnik membrany Źródło: UniProtKB-KW

    Topologia

    W podsekcji "Lokalizacji subkomórkowej" opisano przedział subkomórkowy, w którym znajduje się każdy niepłaski region białka obejmującego błonę.

    Domena topologiczna i

    W tej podsekcji sekcji "Lokalizacja subkomórkowa" opisano zasięg regionu.

    W podsekcji "Lokalizacji subkomórkowej" opisano przedział subkomórkowy, w którym znajduje się każdy niepłaski region białka obejmującego błonę.

    Domena topologiczna i

    W tej podsekcji sekcji "Lokalizacja wewnątrzkomórkowa" opisano zakres regionu błonowego obejmującego białko. Wskazuje on na obecność zarówno alfa-helikalnych obszarów transbłonowych, jak i regionów błonowych obejmujących beta-błonowe białka transmembranowe.

    Ta sekcja sekcji Subkomórkowe lokalizacji subkomórkowej "opisuje komorę, gdzie każdy obszar niż membrana białka błonowego rozciągające się znajduje.

    Domena topologiczna i

    UniProtKB Słowa kluczowe: kontrolowane słownictwo o strukturze hierarchicznej. Słowa kluczowe podsumowują zawartość wpisu UniProtKB i ułatwiają wyszukiwanie interesujących białek.

    Słowa kluczowe - Składnik komórkowy i

    Ta sekcja zawiera informacje o chorobie (ach) i fenotypie (ach) związanym z białkiem.

    Patologia Biotech i

    Organizacyjne bazy danych

    Baza danych chorób człowieka MalaCards

    Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)

    Baza Wiedzy o Farmakogenetyce i Farmakogenomice

    Baza danych polimorfizmów i mutacji

    Baza danych zmienności pojedynczych nukleotydów i skojarzeń związanych z chorobą BioMuta

    Mapowanie domen mutacji choroby (DMDM)

    W tej sekcji opisano posttranslacyjne modyfikacje (PTM) i / lub zdarzenia przetwarzania.

    PTM / Przetwarzanie i

    Przetwarzanie cząsteczek

    W tej podsekcji sekcji "PTM / Processing" opisano zakres łańcucha polipeptydowego w dojrzałym białku po przetworzeniu.

    Łańcuch i PRO_0000153729

    Modyfikacje aminokwasów

    Ta sekcja części MTP / Processing opisano wiązań kowalencyjnych różnych typów powstających między dwoma białkami (międzyłańcuchowych wiązań poprzecznych), albo między dwiema częściami tego samego białka (wewnątrzłańcuchowe wiązań poprzecznych), oprócz wiązań dwusiarczkowych, które odnotowanych w „dwusiarczkiem podsekcja obligacji.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    W tej podsekcji sekcji PTM / Processing określono pozycje i typ kowalencyjnie przyłączonych grup lipidowych.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    W tej podsekcji sekcji PTM / Processing określono pozycje i typ kowalencyjnie przyłączonych grup lipidowych.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    W tej podsekcji sekcji PTM / Processing opisano międzykomórkowe wiązania krzyżowe lub wiązania międzysiarczkowe wiązań disiarczkowych, które są opisane w "Disulfide" podsekcja obligacji.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    Ta sekcja części MTP / Processing opisano wiązań kowalencyjnych różnych typów powstających między dwoma białkami (międzyłańcuchowych wiązań poprzecznych), albo między dwiema częściami tego samego białka (wewnątrzłańcuchowe wiązań poprzecznych), oprócz wiązań dwusiarczkowych, które odnotowanych w „dwusiarczkiem podsekcja obligacji.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    Ta sekcja części MTP / Processing opisano wiązań kowalencyjnych różnych typów powstających między dwoma białkami (międzyłańcuchowych wiązań poprzecznych), albo między dwiema częściami tego samego białka (wewnątrzłańcuchowe wiązań poprzecznych), oprócz wiązań dwusiarczkowych, które odnotowanych w „dwusiarczkiem podsekcja obligacji.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    W tej podsekcji sekcji PTM / Processing określono pozycje i typ kowalencyjnie przyłączonych grup lipidowych.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    W tej podsekcji sekcji PTM / przetwarzania opisano modyfikacje potranslacyjne (PTM). Ta podsekcja uzupełnia informacje są dostarczane na poziomie sekwencji. dane dotyczące pozycji nie są jeszcze dostępne.

    Modyfikacja potranslacyjna i

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    UniProtKB Słowa kluczowe: kontrolowane słownictwo o strukturze hierarchicznej. Słowa kluczowe podsumowują zawartość wpisu UniProtKB i ułatwiają wyszukiwanie interesujących białek.

    Słowa kluczowe - PTM i

    Proteomiczne bazy danych

    Encyclopedia of Proteome Dynamics

    PaxDb, baza danych średnich zawartości białka we wszystkich trzech dziedzinach życia

    Baza danych IDEucleations Proteomics

    Konsorcjum dla Top Down Proteomics

    Bazy danych PTM

    Zintegrowane zasoby iPTMnet dla PTM w kontekście biologii systemów

    Kompleksowe źródło do badania modyfikacji potranslacyjnych białek (PTM) u ludzi, myszy i szczurów.

    Baza danych SwissPalm wydarzeń S-palmitoylation

    Ta sekcja dostarcza informacji na temat ekspresji genu na poziomie mRNA lub białka w komórkach w tkankach organizmów wielokomórkowych.

    W tej podsekcji sekcji "Ekspresja" przedstawiono eksperymentalnie udowodnione działanie induktorów i represorów (zazwyczaj związków chemicznych lub czynników środowiskowych) na poziom ekspresji białka (lub mRNA) (regulacja w górę, regulacja w dół, ekspresja konstytutywna).

    Bazy danych ekspresji genów

    Baza danych Bgee dla Gene Expression Evolution

    Baza danych CleanEx profili ekspresji genów

    ExpressionAtlas, Differential i Baseline Expression

    Genevisible search portal do znormalizowanych i wyselekcjonowanych danych ekspresyjnych od Genevestigator

    Organizacyjne bazy danych

    Atlas ludzkiej proteiny

    Ta sekcja zawiera informacje na temat czwartorzędowej struktury białka i interakcji z innymi białkami lub kompleksami białkowymi.

    Ta podsekcja sekcji "Interakcja" dostarcza informacji o strukturze czwartorzędowej białka i interakcji z innymi białkami lub kompleksami białkowymi (z wyjątkiem fizjologicznych interakcji receptor-ligand, które są opisane w sekcji "Funkcja").

    Struktura podjednostki i

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    Ta podsekcja sekcji Interakcja dostarcza informacji o binarnych interakcjach białko-białko. Dane przedstawione w tej sekcji są przefiltrowanym jakościowo podzbiorem binarnych interakcji automatycznie pochodzących z bazy danych IntAct. Jest aktualizowany co miesiąc. Każda interakcja binarna jest wyświetlana w oddzielnej linii.

    Interakcje binarne i

    Bazy danych komunikacji białko-białko

    Ogólne biologiczne repozytorium danych interakcji (BioGrid)

    Baza danych i system analizy interakcji białek

    Baza danych o interakcjach molekularnych

    STRING: funkcjonalne sieci powiązań białek

    Ta sekcja zawiera informacje na temat trzeciorzędowej i drugorzędowej struktury białka.

    Bazy danych o strukturze 3D

    Portal z białkami w bazie wiedzy PSI-Nature Structural Biology

    Baza danych porównawczej struktury białka

    MobiDB: baza danych zaburzeń białkowych i adnotacji dotyczących mobilności

    Ta sekcja dostarcza informacji o podobieństwach sekwencji z innymi białkami i domeną (domenami) obecnymi w białku.

    Rodzina Domeny i

    Region

    W podsekcji "Rodzina i domeny" opisano region zainteresowania, którego nie można opisać w innych podrozdziałach.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    W podsekcji "Rodzina i domeny" opisano region zainteresowania, którego nie można opisać w innych podrozdziałach.

    Ręcznie opracowane informacje, dla których opublikowano dowody eksperymentalne.

    Ręczna asercja oparta na eksperymencie w i

    Ta podsekcja sekcji "Rodzina i domeny" dostarcza informacji o podobieństwie sekwencji do innych białek.

    Podobieństwa sekwencji i

    UniProtKB Słowa kluczowe: kontrolowane słownictwo o strukturze hierarchicznej. Słowa kluczowe podsumowują zawartość wpisu UniProtKB i ułatwiają wyszukiwanie interesujących białek.

    Słowa kluczowe - domena i

    Filogenomiczne bazy danych

    ewolucyjna genealogia genów: nie nadzorowane grupy ortologiczne

    Baza danych homogennych genów HOGENOM z organizmów w pełni zsekwencjonowanych

    Baza danych homologicznych genów kręgowców HOVERGEN

    InParanoid: Eukariotyczne grupy ortologiczne

    KEGG Orthology (KO)

    Identyfikacja ortologów z kompletnych danych genomu

    Baza danych grup ortologicznych

    Baza danych dla kompletnych kolekcji filogenezy genów

    Baza danych TreeFam drzew genów zwierzęcych

    Rodzinne i domenowe bazy danych

    Zintegrowane zasoby rodzin białek, domen i miejsc funkcjonalnych

    Baza danych domeny białka Pfam

    Ta sekcja wyświetla domyślnie kanoniczną sekwencję białkową i na żądanie wszystkie izoformy opisane we wpisie. Obejmuje również informacje dotyczące sekwencji (sekwencji), w tym długość i masę cząsteczkową.

    Ta podsekcja sekcji Sekwencja jest domyślnie określona we wpisie jest kompletna lub nie.

    Status sekwencji i: Complete.

    Suma kontrolna jest formą nadmiarowości. Przydaje się do śledzenia aktualizacji sekwencji.

    Należy zauważyć, że o ile teoretycznie dwie różne sekwencje mogą mieć tę samą wartość sumy kontrolnej, prawdopodobieństwo, że tak się stanie, jest bardzo niskie.

    Jednak UniProtKB może zawierać wpisy o identycznych sekwencjach w przypadku wielu genów (paralogów).

    Suma kontrolna jest obliczana jako sekwencji 64-bitowej wartości CRC (CRC64) za pomocą wielomianu generatora: x 64 + x 4 + x 3 + X + 1 Algorytm jest opisany w normie ISO 3309.